DPH z pohonných hmot je třeba vypořádat za zdaňovací období, tedy čtvrtletně. Můžete zvolit různé způsoby vypořádání, například:
a) během čtvrtletí (měsíce) evidovat jednotlivé doklady, ze všech uplatňovat plný odpočet a k poslednímu dni čtvrtletí (měsíce) vystavit doklad o použití (podle § 29 ZDPH) na soukromou spotřebu. Dokladem o použití odvádíte daň
b) během čtvrtletí (měsíce) krátit odpočty předem stanoveným poměrem a na konci období provést vypořádání podle skutečného poměru pracovních a soukromých jízd
c) já postupuji tak, že sečtu doklady za PHM za měsíc (nebo za celé čtvrtletí, pokud jich není mnoho) do souhrnného dokladu, ze kterého uplatním nárok na odpočet a výdaj pro účely daně z příjmů jen za pracovní cesty (podle poměru, zjištěného z knihy jízd) a zbývající částku eviduji jako osobní spotřebu.
Zákon o DPH, ani evropská směrnice neřeší, jak postupovat v případě, kdy při pořízení majetku špatně odhadnete poměr jeho soukromého použití. Pokud při pořízení zkrátíte nárok na odpočet například o 20% a následně zjistíte, že auto bylo pro soukromé účely využíváno jen z 10%, tak se podle mého názoru nic neděje, nic neodporuje předpisům. Pokud by tomu bylo naopak, pak byste zřejmě měl za soukromé použití auta vystavovat doklady o použití. Základem daně je v tomto případě výše vlastních nákladů. Ale to jen teoretizuji, v praxi jsem tento problém neřešila.