Způsob účtování si zvolte sama. Podle mého názoru jsou možné obě vámi popisované varianty. Během roku můžete účtovat jen na 379 a na konci roku vyúčtovat daňově uznatelnou část na 527xx (někdo používá ú. 525) a případnou nedaňovou část na 528. Tady ale pozor, v měsíci (a pak i v dalších měsících), ve kterém by zaměstnanec překročil osvobozený limit, je třeba o nadlimitní část příspěvku zaměstnavatele zvýšit základ daně a vyměřovací základy pro SP a ZP. Z tohoto pohledu je asi vhodnější měsíční sledování a tím i účtování: předpis 527xx/379, úhrada 379/221. Pokud předem víte, že celková částka příspěvku zaměstnavatele na ŽP a penzijní připojištění nepřesáhne 24 tis. Kč za rok, tak můžete použít první postup.
Se mzdami to má povinně něco společného od chvíle, kdy překročíte limit a musíte zdaňovat. Příspěvky do limitu nejsou mzdou (jsou pouze závazkem zaměstnavatele vůči příslušné pojišťovně), u zaměstnance se jedná o příjmy osvobozené od daně, srovnatelné například s poskytováním pitné vody, nebo odborným rozvojem zaměstnanců, které také neprocházejí mzdou. Můžete je ale dobrovolně zadávat i při zpracování mezd, možná váš SW nabízí možnost evidence příspěvků zaměstnavatele současně se zpracováním měsíčních mezd, kdy vám vytvoří příkazy k úhradě a nabídne předkontaci k vytvoření účetního záznamu, zkuste prozkoumat, mohlo by vám to usnadnit práci.
Někteří zaměstnavatelé si přejí, aby zaměstnanec viděl jejich příspěvek na výplatní pásce. V tom případě mám měsíční příspěvek zaměstnavatele zavedený do osobní evidence zaměstnance jako jiné dávky ke mzdě a zároveň tu samou částku jako jiné srážky ze mzdy (v programu pro vedení DE) a příspěvek se mi pak objeví i na mzdovém listu.
Chtěla bych upozornit, že pro zaměstnavatele je daňově uznatelným výdajem jakákoliv částka (třeba i nadlimitní), ale od roku 2008 je možné příspěvky poskytovat pouze podle § 24/2/j) bod 5. ZDP, tedy za podmínky jejich písemného sjednání ve vnitřním předpisu, v pracovní, nebo jiné smlouvě.