Obávám se, že jste měli prodat s daní. Automobil byl pořízen z jiného členského státu nebo dovezen autobazarem po 31.3.2009, když už byl při pořízení nárok na odpočet. Nemůžete tedy použít přechodná ustanovení k zákonu č. 87/2009 Sb. a prodej osvobodit podle § 62/2 tehdy platného zákona o DPH.
Jestliže auto prodá z obchodního majetku, v rámci uskutečňování svých ekonomických činností, tak odvádí DPH. Je jedno, že si nemohl uplatnit nárok na odpočet na vstupu. Prodejem auta uskutečnil zdanitelné plnění, které není osvobozeno od daně.
Pokud jde o fyzickou osobu, tak by snad mohl auto vyřadit ještě před prodejem z obchodního majetku. Vzhledem k tomu, že neuplatnil nárok na odpočet, tak při vyřazení do osobního užívání nemusí odvádět daň. Pak by mohl auto prodat už jako soukromý majetek, mimo ekonomické činnosti, tudíž bez daně.