Dobrý den, paní Dano.
Pokud jste po celou dobu, kdy vlastníte automobil, uplatňovali výdaje procentem z příjmů, tak příjem z prodeje auta v daňovém přiznání vůbec neuvádíte. Vozidlo nikdy nebylo zařazeno v obchodním majetku (pro účely daně z příjmů nemáte OM), takže už po 1 roce od nabytí je příjem z prodeje osvobozen od daně.
Pokud byste ale např. v roce 2013 uplatňovali prokázané výdaje a měli jste auto zahrnuté do obchodního majetku, tak byste nyní přiznávali příjem podle § 10 ZDP, ke kterému ale není možné uplatnit výdaje procentem z příjmů.
Z pohledu zákona o DPH auto bylo součástí obchodního majetku bez ohledu na způsob uplatňování výdajů. Podle § 4/4c) ZDPH je obchodním majetkem souhrn majetkových hodnot, který slouží nebo je určen osobě povinné k dani k uskutečňování ekonomických činností. Předpokládám, že z prodeje auta odvedete DPH a je jedno, že jste je prodali fyzické osobě, která zřejmě není plátcem.
Možná je to trochu komplikované, ale daň z příjmů a daň z přidané hodnoty si zkrátka žijí své vlastní, na sobě nezávislé životy:-)