Bohužel, je to tak, jak píšete. Pokud máte ke dni registrace na skladě zboží, které jste sice koupil od plátce, ale zboží jste pořídil před více než 12 měsíci, tak si u tohoto zboží nemůžete uplatnit nárok na odpočet DPH při změně režimu. Ovšem při prodeji z tohoto zboží budete muset odvést daň, neboť v době prodeje budete plátcem DPH.
Ještě jednu poznámku. Předpokládám, že vedete daňovou evidenci. Při nákupu zboží jste si uplatnil celou částku, kterou jste zaplatil dodavateli_plátci, jako výdaj na podnikání. Pokud si necháte vrátit DPH při přechodu na plátce, tak vrácenou DPH přiznejte jako příjem, případně snížení výdajů.