Zřejmě jste onu společnost zplnomocnil k vystavení daňového dokladu vaším jménem podle § 26, odst. 3 zákona o dani z přidané hodnoty. Pak je to stejné, jako kdybyste fakturu vystavil vy sám, jedná se tedy o fakturu vydanou (žádnou další už nevystavujete).
Tyto faktury bych evidovala zvlášť pod samostatnou číselnou řadou, kterou budou tvořit čísla, která už jsou uvedená na faktuře. Ta čísla na faktuře nejsou jejich, ale vaše:-)