Jestliže jsou faktury hrazeny na účet, tak nemáte důvod k zaokrouhlování.
Pokud celkovou částku zaokrouhlíte, tak dejte rozdíl na účet 648.
Myslím, že stále ještě platí podivný Pokyn MF D-253, podle kterého by se měl rozdíl, vzniklý zaokrouhlením celkové částky, připočítat k ceně s DPH a pak znovu přepočítat DPH a cenu bez daně. Zkuste prozkoumat možnosti nastavení zaokrouhlování ve svém programu.