Zůstala bych u zavedené praxe. V okamžiku, kdy bonus vyplácíte, je součástí zaměstnancovy mzdy a je vaším výdajem na podnikání, až FÚ bonus vrátí, budete mít zdanitelný příjem (nebo snížení daňových výdajů, podle toho, jak jste zvyklá).
Jestli se rozhodnete bonus uvádět zvlášť jako nedaňový výdaj a při vrácení ho zaevidujete jako nedaňový příjem, tak to vyjde nastejno.
Dřív než změníte způsob evidence se ještě podívejte, jak vám bude SW zobrazovat vrácený bonus v ročním vyúčtování.