Nevidím nic tak složitého, co by mohlo daňovou poradkyni zmást:-)
Zákon o DPH, platný k 30.6.2012, Vám v § 79 odst. 4 ukládal povinnost: \"snížit uplatněný nárok na odpočet daně u majetku, který je ke dni zrušení registrace jeho obchodním majetkem a u kterého uplatnil nárok na odpočet daně nebo jeho část.\"
Možná jste měla k datu zrušení registrace na skladě pouze zboží od neplátců a nemusela jste tedy nic vracet.
Pokud něco dlužíte, tak rozhodněte sama, jestli podáte dodatečné přiznání za 2. Q/2012. Když si toho FÚ dosud nevšiml, tak bych se spolehla, že si toho nevšimne ani do července 2015 (lhůta pro doměření), a nechala bych to být.