§ 94/11 zákona o DPH:
Osoba povinná k dani se sídlem nebo místem podnikání v tuzemsku, která poskytuje služby s místem plnění v jiném členském státě podle § 9 odst. 1, se stává plátcem dnem poskytnutí těchto služeb, POKUD POVINNOST PŘIZNAT A ZAPLATIT DAŇ VZNIKÁ PŘÍJEMCI SLUŽBY.
.... jestliže švédská neziskovka nemusí přiznat daň ve Švédsku, tak se nemusíte stát plátcem DPH v ČR.
Obsah faktury a jazyk, ve kterém bude vystavena, si dohodněte s odběratelem. Pokud budete vystavovat ve švédštině, tak FÚ může (ale nemusí) požadovat překlad. Faktura může být i dvojjazyčná.