Možná jsem špatně pochopila dotaz, ale zdá se mi, že se chystáte spáchat daňový doklad k přijaté záloze. Nedělejte to:-)) Přijetím zálohy jste zatím ještě neuskutečnili zdanitelné plnění - nevedete účetnictví (§ 21/3 ZDPH) a proto nemůžete vystavit daňový doklad k přijaté záloze (§ 26/3 ZDPH).
Máte tedy fakturu, ve které jste si řekli o zálohu na zboží, nebo služby, a která vám byla uhrazena. DPH ještě není ve hře, takže zálohovou fakturu dáte do pohledávek a přijatou úhradu celou do zdanitelných příjmů z podnikání. Až dodáte zboží, nebo poskytnete službu, pak teprve vystavíte běžný daňový doklad, kde bude text, základ daně, DPH, nakonec odečtená záloha, k úhradě nula, tak, jak píšete. Další postup (rozúčtování částky na příjem daňový - základ daně a nedaňový - DPH) pak závisí na možnostech vašeho SW.