Plátce, který nevedl účetnictví, nesměl v roce 2008 (podle tehdy platného znění § 26/1 ZDPH to měl přímo zakázané) vystavit daňový doklad na přijatou zálohu, protože pouhým přijetím zálohy neuskutečnil zdanitelné plnění a nevznikla mu tedy povinnost přiznat daň. Daňový doklad jste opravdu měla vystavit až při dodání zboží. Píšete, že jste vystavila zálohovou fakturu (nikoliv daňový doklad k přijaté záloze), na které byla uvedena daň. Na základě takovéhoto dokladu si odběratel neměl uplatnit nárok na odpočet, a pokud tak učinil, pak mu v případě kontroly hrozí doměření daně.
Osobně bych s tím nic nedělala. Nehrozí vám žádný doměrek, vždyť jste odvedli daň dřív, než jste museli a nebyli jste tedy daňovými dlužníky.