Rozpočítání nákladů, které se týkají pouze daně z příjmů (úroky a pojištění jsou bez DPH), by stačilo jednou za rok. Pokud je ale vyloučíte z daňových výdajů čtvrtletně - podle procenta, které použijete pro krácení DPH - pak je to podle mého názoru také v pořádku. Stejný postup čtvrtletního krácení (poměr pracovních a soukromých jízd v příslušném čtvrtletí) můžete použít i u faktury za opravu auta a stejným procentem rozdělit náhradu od pojišťovny. Přesný návod, jak postupovat, asi nikde nenajdete.
Osobně bych se přikláněla k jinému řešení: DPH ze spotřebovaných pohonných hmot řešit čtvrtletně podle poměru pracovních a soukromých cest v příslušném čtvrtletí.
Pro všechny ostatní výdaje, spojené s provozem auta a jiné výdaje, které účtujete během roku - jak pro účely daně z příjmů, tak pro účely DPH - předem stanovit předpokládaný poměr používání auta pro pracovní a soukromé využití a tímto poměrem krátit v průběhu roku daňové výdaje i DPH. Na konci roku pak porovnat předpokládaný a skutečný poměr využití auta. Pokud by byl podíl soukromého použití vyšší, než jste předpokládali, pak na rozdíl vystavit doklad o použití a přiznat DPH v přiznání za 4. čtvrtletí a také snížit daňové výdaje pro účely daně z příjmů.
Pokud by byl podíl soukromého použití nižší, než jste předpokládali, pak můžete v přiznání k DPH za 4. čtvrtletí uplatnit nárok na odpočet z rozdílu a zvýšit daňové výdaje, nebo to můžete nechat plavat - nárok na odpočet DPH i výdaje na podnikání uplatnit můžete, ale nemusíte.