Povinnost platit silniční daň vzniká tím, že je auto používáno k podnikání (§ 2 odst. 1 zákona o dani silniční) a to bez ohledu na způsob uplatňování výdajů. SD platí držitel vozidla, zapsaný v technickém průkazu. Pokud syn používal k podnikání Vaše auto, tak jste měla platit SD:-) Ale pochybuji, že by měl FÚ nějaké důkazy, aby mohl doměřit daň.
Pokud jste v roce 2009 uplatňovali odpočet PHM a neplatili jste silniční daň, tak můžete být v klidu. Za rok 2009 už nelze daň doměřit daň. V dalších obdobích uplatňoval výdaje procentem z příjmů, takže není důkaz o používání auta. Pokud by se někdo zajímal, tak musí tvrdit, že jezdil hromadnými dopravními prostředky. Jestliže nevznikne povinnost zaplatit silniční daň, tak ani není povinnost podat přiznání, nemusíte rušit registraci k této dani.
V roce 2014 začne syn používat auto (předpokládám, že své) k podnikání, zaplatí zálohy na SD, a do konce ledna 2015 podá přiznání k dani silniční.