Můžete se písemně dohodnout na nějakém zápočtu už teď a likvidovat faktury postupně. Pročtěte ustanovení § 358 až 364 obchodního zákoníku. Vzájemnou dohodou mohou být započteny jakékoliv pohledávky, i takové, které by jinak byly nezpůsobilé, například promlčené pohledávky. Na druhé straně můžete v dohodě vyloučit započtení pohledávek, u kterých je započtení přípustné. Zkrátka jak si to dohodnete, tak to bude.
Případně můžete udělat jednostranný zápočet podle § 580 občanského zákoníku. Lze likvidovat postupně.