Ano, je to tak, jak píšete. Do výdajů roku 2011 dejte jen základ daně. DPH si odečtete (sice až příští rok, ale odečtete), takže nemůže být součástí výdajů, které snižují základ daně z příjmů. Nárok na odpočet DPH vznikne až v roce 2012, neboť v roce 2011 jste ještě neměla k dispozici daňový doklad. Jeden doklad se Vám proto promítne do dvou roků.
Odpočet DPH uplatníte v 1. Q 2012 a řádku 40, který je určen pro sníženou sazbu daně. Při kontrolním výpočtu Vám nebude sedět základ daně a daň, ale to se při změnách sazby daně stává, FÚ s tím počítá.